Tiền thân của đội bóng là Câu lạc bộ bóng đá Dược phẩm Otsuka, thành lập năm 1955. Năm 1992, anh tham gia vào hệ thống cũ của Liên đoàn bóng đá Nhật Bản và từng sử dụng tên của Otsuka FC Toshima Vortex, nhưng vào năm 1999, do vẫn sử dụng tên của công ty, nó đã bị giáng xuống cấp độ thứ ba của JFL mới. Vào tháng 7 năm 2004, đội được đổi tên thành Toshima Vortex để nâng cấp lên Liên đoàn Quốc gia Nhật Bản. Năm 2004, anh đã giành chức vô địch JFL thành công vì được nâng cấp lên giải đấu hạng hai (J2) của Liên đoàn Nhật Bản và là đội tuyển Nhật Bản đầu tiên ở Shikoku. Ngày 8 tháng 12 năm 2013, anh thăng hạng lên J1 League trước Kyoto Phoenix (J2) trong trận play-off. Vào ngày 22 tháng 10 năm 2014, anh bị loại xuống J2 League trước thời hạn.